神秘警總的轉型與解散
臺灣警總：世人所不瞭解的警備總部沿革史與歷任總司令 （軍式風格多媒體工作室）
1987年7月15日解嚴以後，警總主動縮減預算。1988年11月24日，在大陸貨品鑑定小組例行會議上，警總表示原則上同意把所有的鑑定樣品移交給海關，因此海關總署表示將可在「大陸物品輸入管理辦法」通過行政院院會之前順利接辦該項業務。
此外，「臺灣警備總司令部特別檢查處」在各郵局內設有405室，支警總的薪而不是郵局的薪俸。國民黨籍的郵務士在解嚴後抱怨，大陸來臺信件的郵票被塗銷並不是郵局本意。郵政黨部根本沒約束力，一到選舉他們郵務士在態度上根本不敢怠慢黨外的文宣，因爲深怕郵局的公信力遭到質疑。
面對解嚴以後的種種質疑，警總陸續將一些單位撤銷與轉讓給相應單位。但機構撤銷容易，可人員安置、器材歸屬、任務的轉移極爲困難，並容易衍生許多原本想不到的問題。比如警總在機場與港口負責安檢的軍官，解嚴後多透過退輔會的公務員考試進入警界，卻引發許多基層員警的仇視，認爲這批「空降部隊」會影響一般員警正常升遷。
更糟糕的則是解嚴後海岸巡防移交警察，警政署現有的人員根本不敷調派，軍方也不願意抽調人員投入其中。各縣市警方在少數海岸設置水上警察巡邏隊，臺北縣靠海的貢寮、金山、萬里、瑞芳、淡水設船舶中隊，有的靠海分局設臨時安檢組、港口駐在所，猶如多頭馬車、架牀疊屋。更有甚者，不少船舶中隊只有一名警官擔任幹事兼中隊長，底下沒人又沒任何船艇；港口駐在所只有員警一、二名，沒有槍械等配備，根本虛應故事。結果臺灣部分海域走私猖獗，大陸走私客與臺灣私梟公開在灘頭扛貨與叫賣，1989年3月12日的苗栗某海灘更是有40名偷渡的大陸人登陸。
大陸漁民的走私造成的問題中，對當時臺灣社會直接影響到的，便是黑槍透過幾乎不設防的海岸線大舉輸入。1988年12月2日，警政署長羅張在監察院的會議中表示，自1983年到1988年間警政署已查獲各型槍枝7,000餘枝、彈藥5.8萬餘發，但私擁槍械仍逐漸增加。監察委員鍾榮吉表示，大陸制手槍透過走私流入臺灣，顯見槍枝氾濫不但已影響社會治安，可能涉及政治意圖。
依警總的情資，解嚴之後臺灣與大陸漁民間的走私，很快從大陸沿海轉移到臺灣海域。龜山島附近海域及基隆、淡水、新竹外海可出現數十艘，甚至數百艘大陸漁船，載運大陸酒、香菇、雕塑藝品、骨董等物兜售。偷渡來臺的大陸農民工也因爲不求高薪、無法罷工，而受到臺灣郊區各二級產業工廠的歡迎。從事偷渡工作的漁民每趟載運10~20個大陸人來臺，可賺10~20萬左右的暴利。
1989年4月10日，國防部公佈一系列裁撤單位，警總中負責文宣出版品檢查的政戰第六處撤銷，另外檢管處一個、職訓總隊兩個與臺北、高雄機場協調中心各裁撤一個，全臺的港檢處則裁掉七個，不過並沒有刪減海防單位。因爲在該2日到4日間，嘉義朴子海防部隊的哨兵遭到私梟開車衝撞、臺北縣鹽寮海岸的巡防哨兵更是遭到大批私梟圍毆，海軍巡邏艇則分別在鹿港與西嶼外海截獲基隆籍金加祥號、大陸閩惠漁0321及閩晉漁5604漁船，共拘捕企圖非法入境的103名大陸人。
有鑑於大陸人偷渡、走私頻繁甚至開始挑戰臺灣公權力，在1989年4月15日上午舉行的民國79年度預算說明會上，警總表示該年度有兩大工作目標：「因應中共對臺顛覆統戰工作、解嚴後日益增多的暴力與街頭事件」。
隨着中共走私進臺灣的槍械彈藥激增，甚至有大量炸藥流入臺灣，其嚴重程度不得不讓國防部予以重視，認爲這些彈藥是中共當局指示的行動，背景極不單純。於是在1989年4月28日，國防部下令駐守本島的二線部隊進駐海岸線，每兩公里設一個海防組，協助警總海防部隊緝捕偷渡、走私的大陸漁船；陸軍總部也通令，凡海防守備區內有偷渡、走私成功者，將一律以「作戰失敗」送軍法審判。海灘周邊道路會有V150輪式裝甲車、至少780輛機車巡邏，重要班哨甚至可以配備輕型雷達，高級軍官也將親自駐防督導。但陸軍希望海軍在海上加強巡防與配合，警總表示偷渡走私多是雙方漁民共謀，希冀警政署督導漁港安檢。
由於大量大陸黑槍與走私物流入黑社會，使臺灣這期間社會治安惡化，出現一大堆知名的槍擊要犯。人們甚至有「高雄到了，下車的旅客請穿上防彈衣！」的笑話，社會人士因而呼籲成立一個受到中央安全部門主持的「海防聯合指揮部」，結合河口與海口水上港務警察、警總派駐海防人員、海防部隊及相關情治單位的力量，嚴密執行海防以杜絕私槍流入臺灣。
顯然從「臺灣警備總司令部」在1984年解除大部分軍事職能、轉型成治安機關以後，除面對來自島內各界的種種挑戰之外，便是應付因爲經濟起飛、大量人口聚集城市、大陸對臺灣的大規模走私而敗壞的治安。尤其是中共對臺的走私，有官方背景的制式槍械、低廉但品質與衛生堪虞的食品大量輸入臺灣，改變臺灣的黑社會及基層官商的運作模式，所形成的地下利益鏈條也遠比黨外、民進黨還要來得敵視警總，也更加樂意利用輿論來敗壞警總的聲譽。
1990年5月底，總統李登輝宣佈將在一年內結束動員戡亂時期，警總也必須隨之裁撤。當時警總主要由臺灣警備總司令部、軍管區司令部共同組成，臺灣警備總司令與軍管區司令都由同一人擔任。「臺灣警備總司令部」負責警備、保安、檢管等業務，「軍管區司令部」負責軍事動員、後備軍人管理等業務，所以解除動員戡亂時期以後，處理後備軍人業務的「軍管區司令部」並不受影響。