安諾優達攜手中科院遺傳所召開基因組學前沿技術應用研討會
(原標題:安諾優達攜手中科院遺傳所召開基因組學前沿技術應用研討會)
2020年12月5日,在中國科學院遺傳與發育生物學研究所肖軍研究員的大力促成及鼎力支持下,由中國科學院遺傳與發育生物學研究所和安諾優達生命科學研究院聯合籌辦的基因組學前沿技術應用研討會在北京圓滿落幕。在疫情防控新常態形式下,爲了讓更多對基因組學研究感興趣的科研工作者能夠同步學習各位報告嘉賓的科研成果,此次會議特採取了線下會議&線上直播的形式召開。
會議在中國科學院遺傳與發育生物學研究所副所長黃勳研究員和安諾優達基因科技(北京)有限公司總經理田佳先生熱情的開幕致辭中拉開帷幕。本次大會吸睛點頻現,13位專家圍繞基因組進化和多倍化、趨同和適應性化、協同進化、轉錄調控、表觀修飾調控等基因組學研究方向就最新研究進展及經驗、技術突破、應用展望進行了專題報告。
嘉賓報告精彩回顧
浙江大學的張亮生教授以“花卉基因組與開花植物的進化”爲題分享了藍星睡蓮基因組的研究成果,揭示了早期被子植物的進化特點和特徵,解析了睡蓮的花香和花色合成途徑,對園藝植物分子育種具有重要參考價值。
西湖大學的李小波研究員,以Understanding photosynthetic energy metabolism using high-throughput genetic tools爲主題分享了以單細胞藻類爲模式系統探究了光合能量代謝過程中所涉及的分子成分及其相關的調控和進化機制。
中國科學院植物研究所的焦遠年研究員以Whole genome duplications and plant adaptive evolution爲主題分享了植物多倍化的起源研究和近期的研究成果,發現了植物進化過程中一些難以被發現的古基因組加倍事件。基於對加倍進化歷程中保留基因的分析基礎上,探討了植物多倍化的進化意義,進一步說明了物種的進化過程中的趨勢。
中國科學院遺傳與發育生物學研究所的魯非研究員以Adaptive evolution of wheat: convergence within divergence爲題主要分享了小麥不同來源染色體亞型進化歷程和遺傳多樣性。通過構建小麥全基因組遺傳圖譜以及基因滲入分析,爲小麥的育種和科研提供了重要的分子基礎,並且揭示了AB和D亞基因組的遺傳多樣性差異。
廣西大學的劉慶友研究員以水牛種質資源與多組學研究爲題爲大家分享了中國沼澤型水牛和印度河流型摩拉水牛的參考基因組所取得的重要研究成果,發現沼澤型水牛OXTR基因及其所屬的的催產素通路(Oxytocin signaling pathway)受到選擇性富集,推測可能是稻田耕作中牛響應人類命令的結果。同時,還結合比較轉錄組、比較蛋白質組等手段對水牛產奶性狀、肉質性狀形成的遺傳基礎進行了系統解析。
中國科學院遺傳與發育生物學研究所李響研究員以單細胞DNA甲基化測序的那些事兒爲主題分享了自己近期在單細胞甲基化領域所做的一些嘗試及其相關研究成果,圍繞自主開發scBRIF-seq方法展開了詳細闡述,爲單細胞甲基化的研究提供了新的建庫測序和分析方法。
中國農業科學院(深圳)基因組研究所的張興坦研究員以基因組學研究揭示榕樹進化之謎爲題分享了近期在榕樹基因組中所取得的重要研究成果:通過比較基因組、羣體遺傳學、轉錄組和代謝組等組學研究,揭示了榕樹氣生根發育、性別決定的未解之謎,並在基因組水平上揭示了榕樹-榕小蜂在形態和生理方面的協同演化對雙方類羣的協同多樣化的重要影響。
作物性狀改良的基礎是對決定性狀形成的遺傳基礎的解析,其中,決定器官分化的基因時空特異表達的調控元件的分離和調控網絡的構建是未來作物改良的基礎。此次會議中,華中農業大學的鄢文豪教授以基因轉錄調控與精準育種爲題,主要圍繞調控元件動態圖譜和轉錄因子作用網絡的構建展開了詳細的介紹。
中國農業科學院(深圳)農業基因組研究所的徐煒研究員以R-loop測序技術開發與應用爲題進行了分享,基於單鏈DNA連接技術,開發了穩定可靠且提供R-loop 鏈特異性信息的全基因組 R-loop 檢測方法——ssDRIP-seq,爲DNA的轉錄研究提供了很好的研究思路,通過研究發現RNA的m6A 修飾是通過影響R-loop的結構,來調控基因轉錄的終止過程。
北京大學的周嶽研究員以H2AK121ub in Arabidopsis associates with a less accessible chromatin state at transcriptional regulation hotspots爲題分享了通過整合不同擬南芥中PcG突變體的染色質可及性、組蛋白標記和表達分析,證實了PcG活性的喪失導致了染色質可及性的增加,但這並不一定伴隨着轉錄激活,表明了可及性染色質並不總是預測基因表達。
南京大學的陳迪俊副教授以ChIP-Hub: an integrative platform for exploring plant regulome爲題圍繞自主開發的ChIP-Hub調控組學大數據平臺展開了詳細的闡述,利用ChIP-Hub探索了超過40種植物的8000多個ChIP-seq相關數據集並進行全面的重新分析和比較,同時指出了利用這一資源將允許來自不同領域的生物學家全面使用所有可用的調控基因組信息,以獲得更多針對其特定問題的新見解。
安諾優達的生物信息中心總監劉濤博士以三代測序技術助力多組學研究進入新時代分享了三代測序在各個組學上的應用以及安諾優達在這些應用上的優化。隨後通過對Pacbio數據的比對分析,展示了安諾優達三代多組學數據應用方向進行的數據利用率、檢測效果、資源消耗等問題上的優化,表明將更好、更高效服務於科研工作者的三代測序多組學研究。
每場報告結束掌聲雷動,每一次熱烈的掌聲都是對報告嘉賓及分享內容最直接、誠摯地認同和讚歎。
結束了精彩紛呈的報告環節,各位專家學者又針對以下4個主題進行了熱烈地圓桌討論:1)多倍體與二倍體材料相比在基因組研究中有哪些異同;2)針對複雜基因組中存在的大量高重複、高雜合區域,是否有新的技術手段或者分析策略可以提升組裝質量;3)期望測序技術未來在基因組學研究中有哪些方面的突破;4)農業基因組研究領域發展的趨勢和方向有哪些。在本次討論中,各位專家學者暢所欲言,理性科學地想象讓討論變得極其生動有趣,同時也給大家提出了很多寶貴建議,讓人受益匪淺。
至此,在各位專家以及與會嘉賓的鼎力支持和積極參與下,本次基因組學前沿技術應用研討會圓滿落幕。再次衷心感謝中國科學院遺傳與發育生物學研究所肖軍研究員對於此次會議的襄助。錯過在線直播和現場參會但對會議報告感興趣的老師和同學們不要遺憾,我們會在爭取報告嘉賓同意的基礎上對報告視頻進行剪輯後分享至視頻網站,更多報告視頻信息請及時關注公衆號信息以及微信交流羣消息。